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GigaScience:初次发布全部现生企鹅物种基因组测序数据

摘要:此次发布的数据包罗19种全新的高包围度企鹅基因组序列,加上先前已经颁发在GigaScience 的2种企鹅基因组,今朝全部现生企鹅物种的全基因组已经被完备解读。

“企鹅基因组同盟”在开放获取期刊GigaScience初次发布了全部现生企鹅物种的基因组数据。该同盟由来自中国、丹麦、新西兰、澳大利亚、阿根廷、南非、英国、美国和德国的研究职员构成。此次发布的数据包罗19种全新的高包围度企鹅基因组序列,加上先前已经颁发在GigaScience 的2种企鹅基因组,今朝全部现生企鹅物种的全基因组已经被完备解读。该同盟打算通过对整个企鹅目开展较量基因组学研究,表明企鹅物种演化进程和人类勾当及天气情形变革对企鹅种群的影响等重要基本题目。

企鹅对比于其他鸟类,周公解梦,具有诸多非凡心理形态特性,差异企鹅物种之间揭示了富厚的异质性。企鹅的漫衍范畴凌驾整个南半球:从地处赤道的加拉帕戈斯群岛,到新西兰温带海洋性天气的丛林,再到近南极岛屿的礁石,直至南极洲四面的海冰。从会飞的海鸟转变为失去航行手段的潜泳健将是企鹅的符号性演化特性。这一变革进程陪伴着大量的心理布局的变革,好比特化的前肢布局,更为平滑的皮肤表层,又短又硬的羽毛以及更为机动的体温调理体系是它们顺应差异情形(从热带加拉帕戈斯群岛到极冷的南极海冰)的心理基本。

因为企鹅对情形友善候的变革极其敏感,以是被比作�海洋中的金丝雀�。近几十年来,很多企鹅种群的个别数目锐减,譬喻,帝企鹅的数目在短短30年内降落了88%。其他企鹅物种的景况也摇摇欲坠。天气变暖、生境退化、海洋资源开拓、渔业捕捉、情形污染以及外来捕食者的引入是企鹅个别数目不绝镌汰的重要缘故起因。因此,企鹅成为很多生态体系监测研究的指示性物种。而得到全部现生企鹅物种的高质量基因组图谱则是相识种群数目降落缘故起因的重要基本数据。

来自新西兰奥塔哥大学(University of Otago)的作者Theresa Cole说:�我们可以通过这些企鹅的基因组相识它们的种群汗青。该研究将为全部企鹅物种在极度天气情形中的种群变革汗青提供新的数据信息,并可帮助猜测将来天气变革对企鹅种群演化趋势的影响。这项研究还将有助于我们相识天气变革对其他物种的影响,以辅佐我们拟定物种保育计策。�

这21种企鹅的物种辐射演化模式与闻名的达尔文地雀相同,可觉得研究物种发源与分化的研究提供新的模式体系。该同盟也在对近期灭尽的企鹅举办基因组测序,还对每个物种的多个个别举办了重测序和种群基因组学研究。

这项事变的通信作者、来自哥本哈根大学、同时也是华大基因以及昆明动物研究所的张国捷传授说:�企鹅的祖先经验了快速的辐射分化,时代大量的物种已经灭尽,最终形成了20多个现存物种。这些物种的演化进程与已往地球5000万年以来的地质结构汗青及天气变革亲近相干。因此,企鹅的辐射分化是研究物种形成与情形浸染相关的典范代表物种类群。�

网络这些企鹅的高质量样本极具挑衅,由于个中很多物种漫衍在地球上最不相宜生物栖身和最偏远的角落。而取样的另一个挑衅来自于各国文化差别而非技能自己。在已往漫长的汗青里,很多地域的企鹅物种已经深深的融入内地民族的传统文化里。为处理赏罚这一敏感题目,该同盟与这些族群间成立了充实的信赖,配合研究内地企鹅的汗青。

配相助者、新西兰生态环保部的Bruce McKinlay夸大说:�新西兰的基因组研究今朝正成为本国文化不行疏散的新因素。企鹅在毛利文化中被称为�宝藏�(Taonga),本同盟与内地族群举办了严酷的协商才得以对这6个来自新西兰的企鹅物种开展基因组测序。我们信托这些基因组信息将成为毛利文化的重要构成部门。�

企鹅基因组同盟打算的方针不可是得到高质量的企鹅基因组图谱。这些基因组已经对企鹅生命之树和进化汗青的重建,以及它们对南极洲顺应性进化的模式研究带来了很是有代价的成就。譬喻,该研究中的一个起源的体系发育树说明表白企鹅多次顺应南极洲的极度情形。

这21种企鹅的基因组数据只是万里长征的第一步;企鹅基因组同盟接待感乐趣的研究者插手该同盟,配合为今朝正在举办的较量基因组学和进化基因组学研究作出孝顺。

固然该研究尚在举办中,但前期的21种企鹅基因组数据已经可用,研究者要求打算行使这些数据举办相同的种间较量的团队遵循劳德代尔堡协定(Fort Lauderdale Agreement)和多伦多宣言(The Toronto statement)。


原文出处

Pan et al. High-coverage genomes to elucidate the evolution of penguins. 2019. GigaScience doi:

(编辑:www.soumeng.cc 搜梦网)

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